其次，马英九在处理事件的过程始终以和平为导向，以维持现状为方向。可以预见，马英九很清楚，他在钓鱼岛问题上能做到的就是争取维持和平，并维持现状。

最后，马英九采取务实的策略，力争在钓鱼岛问题上争取到实际利益。日方到船长何鸿义家里道歉的当晚，“总统府”主动释出消息，表示日方道歉之举是台日极高层接触促成，还特意提到马英九两年前访日时，曾与当时还是参议员的现任日本首相福田康夫晤谈过日台关系。据香港《中国评论新闻》分析报道，马政府真正要透露的是要让日本高层重视台海关系的演变，马英九想借力两岸关系的良性互动迫使日本做出一些让步。具体来说，当湾当局希望先在钓鱼岛海域渔业问题上有所突破。

溉括起来说，马英九的钓鱼岛政策包括3个方面：坚持主权不变的底线；采取和平手段，争取不出现不利于己的变化；通过两岸关系的良性互动，迫使日本做出一些具体利益上的让步。马英九的政策并不排斥两岸在钓鱼岛问题上的合作，为人们留下了想象的空间。

在民进党执政的过去八年里(实际上从具有“皇民”色彩的前国民党籍“总统”李登辉开始)，由于两岸关系处于高度紧张状况，台湾当局必须讨好美日两国，借以自重。台湾不仅要力挺美日安保条约，对于美方开出军购的条件必须照单全收，就是对日本主张“拥有钓鱼台主权”一事，也只能消极回应。后来陈水扁搞“正名制宪”、“以台湾名义加入联合国”，更需要采取低姿态以冀望日本友善对待。但在马英九上台后，日、台“外交”关系的处理发生了显著变化。

马英九本人和“行政院长”刘兆玄、“总统府国家安全会议秘书长”苏起三人都是留美博士、国民党的外省籍精英，因此马政府不像李登辉和陈水扁政权股地重视日本，对日本也较不关心。马团队清楚地意识到，台湾的“外交”困境主要来自两岸关系不和谐；扁政府时代无条件地倒向美日两国，也是两岸关系不佳的一个因素。台湾经济衰退，更是因为两岸不和，因此马政府的首要任务就是“破冰”两岸关系。在完成这一任务之后，自然可以重新调整台湾与美日之间的关系，以及台湾在东亚地区的战略地位。不过，从另一方面看，台湾由于自身实力弱小、国际能量有限，想单方面迫使日本做出让步很难，以现阶段只能先求渔权谈判，解决台湾渔民的生计问题。在未来，海峡两岸的会谈中难免要“聊”到钓鱼岛，寻求联合解决钓鱼岛问题。

大陆方面无疑是希望与台湾在钓鱼岛问题上协调合作的。两岸合作可以加强大陆在对日谈判东海、钓鱼岛问题时的筹码，更重要的是，两岸围绕着钓鱼岛的合作，特别是两岸与日本围绕钓鱼岛的斗争，有利于加强中华民族的向心力，对于稳定两岸关系、增强台湾人对中华民族的认同很有帮助。在台湾看来，他们也可能以在钓鱼岛问题上的合作，要求大陆在其他谈判中让步。

撞船事件也会推动中日两国搁置争议、共同开发东海的前景。事实上，钓鱼岛问题在近年来逐渐热络，与东海大陆架资源问题密不可分。两者的关系即使不是多米诺骨牌，至少也存在相当程度的利益关联。断断续续的磨擦应该会使日本认识到在钓鱼岛和东海划界问题上，中国不可能做根本性让步，唯一现实的选择就是搁置争议、共同开发。由于撞船事件可能促成两岸在钓鱼岛问题上一定程度的合作，日本可能会加快与中国大陆在东海开采油气的合作，防止面对两岸的联合压力。对这一点，福田康夫应该很清楚。