2008年6月10日凌晨，即台湾地区新领导人宣誓就职后刚刚第21天，日本海上保安厅巡逻舰“甑”号在中国领土钓鱼岛(日称鱼钓岛、尖阁列岛)附近海域与台湾渔船“联合”号相撞，导致该船沉没，渔船船长和船员遭扣留。中国外交部随即表示对日方行为感到强烈不满，发言人秦刚强调：“钓鱼岛自古以来就是中国的固有领土，中国对此拥有无可争辩的主权。我们对日本海上保安厅船只到钓鱼岛附近海域活动并导致中国台湾渔船沉没表示严重关切和强烈不满”，“我们要求日本政府停止在钓鱼岛附近海域的非法活动，防止再次发生类似事件”。台湾海巡部门2艘船只于当日上午9时抵达出事海域，待命将渔民接返台湾。日本海上保安厅随即指控称：前往善后的台“海巡署”船只“侵犯了日本领海”。

撞船事件引起了台湾岛内官方与民间的强烈抗议，台北方面要求日本作出明确道歉，并一度宣称将派其最先进的“基隆”级驱逐舰开赴钓鱼岛海域，“显示主权”。然而，就在日本第11管区海上保安总部长那须秀雄干6月15日召开新闻发布会、宣布向台湾方面表示道歉后，台北的态度忽然来了一个大转弯。新任“行政院长”刘兆玄表示，日方作出的是一个比较正式的道歉；台湾地区新领导人马英九也指示，要以“和平解决”为最高指导原则，不可让整起事件“擦枪走火”、演变为军事冲突。至于“基隆”舰，先是降格为“康定”舰，随后又不了了之。如此一来，许多人(包括绿营“立委”)随即开始质疑马英九在撞船问题的处理上太过软弱。民进党“立委”叶宜津重炮抨击马英九，称其过去极力宣示钓鱼岛“主权”，甚至曾有不惜一战的态度；如今却默不作声，“当年那个参与保钓运动的热血男儿跑到哪里去了?”

面对岛内各界的强烈呼声，马英九透过“总统府”发言人王郁琦发表了三点声明：第一，强调钓鱼台属于宜兰县头城镇；第二，宣示维护“主权”，且对此从未改变也绝不改变；第三，谴责日本海巡船撞击台湾渔船事件，严正抗议日方的强横行为，要求日本立即释回船长并赔偿损失。6月20日上午，日台交流协会台北事务所副代表舟町仁志带着那须秀雄的道歉函前往“联合”号船长何鸿义家中致歉，并同意全额赔偿。但与之同时，6月20日下午，日本最大在野党——日本民主党委员长枝野幸男却与该党委员会理事等朝野众议员5人，搭乘海上保安厅的巡逻机前往钓鱼列屿上空进行视察。台湾方面认为日本议员此举“宣示主权”意味浓厚，立刻由花莲空军基地出动至少4架F·16战机前往监控示警。

领土纠葛与冲突，古来有之，但由于涉及到两岸三方，就容易演化成“三方博弈”的微妙局面。尤其在台北换上了一向标榜“大中华”情结的国民党领导人之后，华人世界都在关注着马英九的表现。在这种情况下出现的撞船事件，恰恰可以是一面很好的折射镜。