日本政坛一向对日台关系十分重视，特别是右翼势力，始终视台湾为遏制中国大陆发展的棋子。由于李登辉政权，陈水扁政权当政期间，为了获得日本支持台独而采取“媚日外交”，连续演出李登辉自称年轻的时候是日本人，立委许文龙称慰安妇是自愿等活剧。日本民间一直认为台湾人对日具有特殊亲善的感情。这种舆论基础，显然便于日本政坛右翼人士借“民意”表达对台独的支持，而日方的支持，又是台独理论的重要依赖。

而马英九政权上台后，日本方面深感忧虑。这是因为，马英九一贯以“我是台湾人，也是中国人”自居，年轻的时候积极参加保钓运动日方认为他是“亲中亲美反日派”。在日本的亲台独势力也推波助澜地宣传这一倾向。例如，“美丽岛-谢长廷亲友会”（东京支持台湾绿营的日本人组织），在马英九当选前即称马为“胡錦濤の走狗、反日の頭目　２２８台湾人大虐殺の後継者日本固有の領土尖閣諸島を盗む奴”（胡锦涛的走狗，反日的头目，228对台湾人大屠杀者的后代，抢夺日本固有领土尖阁列岛即钓鱼岛的卑劣者）。

由于马英九对钓鱼岛问题的一贯立场，日本右翼始终认为马英九上台将对日本控制钓鱼岛形成激烈的挑战。

2007年11月23日，马英九为了表达自己并非反日访问日本期间，日本右翼组织《日本人台湾独立促进会》在东京甲洲街道拦截马英九的车队并打出了“正告支那走狗马英九　–　日本国民不允许夺走尖阁列岛！”的大标语，并侮辱马英九为“支那的男妾，马鹿英九”。

然而，不论日本方面怎样看待，马英九还是在2008年3月当选，掌握了台湾政权。并且在这次撞船事故发生后再次重申对钓鱼岛的领土主权，支持台湾政府和民间采取不退让的立场，以“总统”的身份向日本提出赔偿要求。这显然让日本坚持钓鱼岛属于日本的民间舆论十分恼火。

因此，受政府控制影响深重的日本主流舆论，面对此事颇为为难　–　假如顺应民间的强硬舆论推波助澜，固然从新闻角度比较成功，却把日本政府逼上是否与台湾一战的尴尬境地。同时激化日台民间矛盾，当需要继续支持台独，把台湾当作棋子使用时，台湾方面恐怕不肯出力，而日本民间支持台湾的热情也会大打折扣，这显然不利于日本；假如继续强调日台的友好关系，又会被民间骂做卖国贼，且承认放弃钓鱼岛，日本的经济水域会大为缩减，甚至东海和中国讨论石油开发问题都失去了依据。这在日本政界民间目前也是不可能接受的事情。

这种情况下，大约也只能采取低调，降低分贝的方法，希望息事宁人了。

对于这个问题，记者有意将电话打到了曾参加抗议马英九的日本右翼组织“日本人台湾独立促进会”，想了解对方对此事的看法和立场，特别是在台湾目前群情激愤的情况下，该组织会怎样看待一向的宗旨。

一位姓永山的该会干部接听了电话，表示“我们支持台湾，反对马英九。大多数台湾人不支持马英九，因为他是从中国跑去的国民党人，只是很少的本省人（估计是“外省人”的口误）才支持他。台湾人不会支持马英九强占日本领土尖阁列岛的主张。“

在记者试图进一步了解为何台湾选举中“大多数台湾人不支持”的马英九获得了大多数选票时，对方意识到记者并非日本人，而是代表中国媒体，于是迅速挂断了电话。